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水母的身体有95％以上是水分，其他则是蛋白质和脂质所构成。水母的身体会呈现透明状，就是因为身体内的水分缘故。水母具有三胚层，最外是表皮层，最内层则是胃皮层，由胃皮层构成简单的体腔，只有一个开口，兼具口及排泄的功能。在表皮层及胃皮层之间的则是中胶层。

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